为加强基层医疗卫生机构财务管理和监督，规范其财务行为，提高财政资金的使用效益，国家基层医疗卫生机构实行会计集中核算。实行集中核算后各基层医疗卫生机构的会计核算业务由于基层医疗卫生机构之外的会计集中核算中心进行，按照“集中核算，规范管理，统一帐户，分户结算”的原则进行集中核算，监督基层医疗卫生机构各项财务收支活动。

　　强化预算机制并落实责任。对基层医疗卫生机构实行“核定任务、核定收支、综合收支补差”的预算管理办法。要求将预算和财务管理责任层层落实到各部门并通过会计核算与预算的衔接实现强化财务监管和会计监督、加强基层医疗卫生机构内部管理、确保资金专款专用、充分发挥资金使用效益的目的。

　　合理划分收支体现职能定位。明确了基层医疗卫生机构收入由医疗收入、财政补助收入、上级补助收入和其他收入构成在会计核算流程中清晰反映各种补助资金的流入渠道。根据基层医疗卫生机构提供基本公共卫生服务的职能定位在“医疗卫生支出”科目下设立“公共卫生支出”二级科目同时体现对基本建设和设备购置安排预算的补偿机制将承担的基本建设和设备购置支出以“财政基建设备支出”科目单独反映。

　　规范资产管理防范财务风险。根据基层医疗卫生机构的预算管理要求和补偿机制不要求进行以权责发生制为基础的成本核算无需计提固定资产折旧或提取修购基金。合理划分和核算各类收支防止医疗费用不合理增涨控制财务风险公共医疗卫生的公益性。

　　结合实施绩效工资设立励基金建立激励机制。在基层医疗卫生机构专用基金中设置励基金执行核定收支等预算管理方式的基层医疗卫生机构在年度终了对核定任务完成情况进行绩效考核合格后可按照业务收支结余的一定比例提取励基金由基层医疗卫生机构结合绩效工资的实于职工绩效考核励以完善激励约束机制充分调动基层医疗卫生机构医务人员的积极性促使其更好地参与和服务医改工作。

　　集中核算能客观地反映基层医疗卫生机构的会计收支活动，既可促进基层医疗卫生机构收费项目的性，杜绝乱收费等现象的产生，也可促进其严格遵守“收支两条线”的，所有收入及时、足额入库，防止隐瞒、截留和挪作他用，对杜绝违法乱纪行为、国有资产保值增值和完善招投标制度及推进采购制度的贯彻实施等方面都具有积极作用。有助于财政部门和业务主管部门对基层医疗卫生机构的监督。

　　会计集中核算中心运用会计电算化系统按统一的标准和流程进行会计核算，使核算业务更专业化。还运用权限设置等方法实施有效的内部控制，较好地执行了《会计法》有关不相容岗位相互分离的有关制度。同时会计集中核算中心于基层医疗卫生机构之外，使其具备更好的性，会计人员能够更好地行使监督职能，对会计资料的真实性、性、完整性进行监督，提高会计信息质量。

　　基层医疗卫生机构会计核算中心是对预算单位管理进行的一次重大，成功实现了资金的集中核算和全面监督。但目前基层医疗卫生机构会计集中核算中心也因为单位各基层医疗卫生机构经济业务有各自的特殊性，实行集中核算以后存在如下问题急需解决。

　　基层医疗卫生机构实行集中核算后，外部财务监督得到加强，但内部牵制机制弱化。会计集中核算将记账、算账、报账等工作集中于会计集中核算中心，而对实物、资产、合同等需要反映的经济事项仍然分散在单位，使单位的财务管理工作脱节，弱化单位自身的财务管理。

　　基层医疗卫生机构会计业务交由会计集中核算中心代理核算后，基层医疗卫生机构不设会计岗位，只设一名财务联络员。单位财务状况知情面范围缩小，财务负责人一支笔审批，财务支出情况不公开透明。虽然会计集中核算中心在代理记账时也履行了监督职能，但由于其毕竟置身于单位外部，对单位的经济业务的真实性无法掌握，有些复杂问题也难以分辨。像有些会计业务经办会计只能识别票据的性、合规性，无法识别票据的真实性和经济事项的。一些单位以住宿、会议、印刷、修理及劳务等票据列支的其他不合规支出，经办会计即使发现有以上违规列支的行为，但因缺少足够的和精力也很难进一步深究。

　　会计集中核算的实施不利于责任的划分。会计集中核算中心经办会计远离基层医疗卫生机构经营管理现场，不能了解单位经营管理活动真实情况，每天面对大量的票据，无法对票据进行深入研究分析其真实性。尽管基层医疗卫生机构会计集中核算中心成立的前提条件是资金的三项不变，但集中核算单位仍然会将会计核算和财务管理的相关责任推向会计集中核算中心。而并不参与单位经济活动过程，不了解经济业务实质的中心经办会计总是陷入一种两难的局面。当出现虚假会计信息或遗漏核算事项时，就会出现会计核算中心和核算单位之间的相互推委，责任不清。

　　落实财产物资清查制度，会计集中核算中心定期与基层医疗卫生机构的财产管理员进行物资清查，账实相符并落实责任制。财政部门也应加大对基层医疗卫生机构财产物资的检查监督力度，最大限度地国有资产不流失。

　　实施远程账务处理系统，基层医疗卫生机构财务联络人员可在院内登录财务处理系统进行相关操作和查询，使基层医疗卫生机构和会计集中核算中心之间的数据资源共享，单位能及时了解财务收支情况，增进会计集中核算中心和基层医疗卫生机构之间的会计信息交换。